Katolički bogoslovni fakultet u Sarajevu zasnovan je na temeljima najstarije sustavno organizirane visokoškolske ustanove u BiH, Vrhbosanske katoličke teologije, koju je 1890. utemeljio prvi vrhbosanski nadbiskup dr. Josip Stadler. Ova je visokoškolska ustanova od svoga osnutka izvršavala svoje crkveno poslanje odgoja i obrazovanja svećeničkih kandidata koji su nakon svoje formacije preuzimali svoj dio odgovorne svećeničke službe u Vrhbosanskoj metropoliji. Katolički bogoslovni fakultet uz ovu zadaću koju ima od svog osnutka, danas ima i zadaću formacije katoličkih laika koji će nakon završenog studija preuzeti svoj dio odgovornosti u Crkvi i društvu, te na taj način izvršavati svoje poslanje u svijetu, koje je Krist povjerio svim svojim učenicima.
Bulom Ex hac augusta papa Leon XIII. 5. srpnja 1881. uspostavio je Vrhbosansku crkvenu pokrajinu i odredio da se otvori metropolijsko Bogoslovno sjemenište za odgoj i izobrazbu dijecezanskih svećenika. U duhu ove odredbe nadbiskup Josip Stadler, preuzevši službu nadbiskupa u Vrhbosanskoj nadbiskupiji 1882., otvorio je u Travniku Dječačko sjemenište i gimnaziju. Kad su prvi dijecezanski maturanti te sjemenišne gimnazije dospjeli do teološkog studija, nadbiskup je 1. rujna 1890. otvorio u zgradi Dječačkog sjemeništa u Travniku prvo godište Bogoslovije povjerivši isusovcima vodstvo ustanove.
Stadler je u međuvremenu podizao zgradu Bogoslovnog sjemeništa u Sarajevu, pa su 1. rujna 1893. bogoslovi, poglavari i profesori prešli u središte nadbiskupije. Bogoslovija je od 1893. djelovala neprekidno do 1944. Potom su komunističke vlasti nacionalizirale školski i bogoslovski dio zgrade i tako je bilo onemogućeno daljnje djelovanje. Nadbiskup dr. Smiljan Franjo Čekada je, nakon dugih pregovora s tadašnjim vlastima u Bosni i Hercegovini, otvario 1969. prvi tečaj bogoslovnog studija u nenacionaliziranom profesorskom dijelu zgrade. Zatim je 1972. otkupio od države veći, nacionalizirani dio zgrade Bogoslovnog sjemeništa gdje je nastavljen školski rad u punom opsegu.
U profesorski zbor uključio je uz isusovce i dijecezanske svećenike kojima je 1972. povjerio punu upravu Bogoslovije. Potom je 1980. Bogoslovno sjemenište dobilo ime Vrhbosanska katolička bogoslovija, koja obuhvaća odgojnu i školsku ustanovu: Vrhbosansko bogoslovno sjemenište i Vrhbosanska visoka teološka škola. Od 1990. Vrhbosanska visoka teološka škola afilirana je Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu. Zbog ratnih sukoba u Bosni i Hercegovini 1992. Vrhbosansko bogoslovno sjemenište i Vrhbosanska visoka teološka škola našle su svoje privremeno utočište u Dominikanskom samostanu u Bolu na Braču. Prestankom ratnih razaranja i nakon obnove zgrade Vrhbosanske katoličke bogoslovije, cijela se ustanova 16. listopada 1996. vratila u Sarajevo. Na prvoj sjednici profesora i odgojitelja Vrhbosanske katoličke bogoslovije dogovoreno je da se pristupi razdvajanju uprave Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa i Vrhbosanske visoke teološke škole. Ujedno je usvojen i novi naziv učilišta: Vrhbosanska katolička teologija.
Dekretom Kongregacije za katolički odgoj br. 714/2004 od 21. rujna 2009. teološki studij kanonski je uzdignut i proglašen Katoličkim bogoslovnim fakultetom u Sarajevu. KBF u Sarajevu punopravni je član Univerziteta u Sarajevu.
